キヌアには、有用な特異成分がいくつか含まれている。キヌアは、楽しいレシピばかりでなく、価値ある機能性を豊富に持つ世界一の食材。
サポニン
サポニンは、水溶液で石鹸のように泡立つ特性があり、大豆やアズキの煮汁が泡立つ原因物質である。茶、ニンニク、朝鮮ニンジンなどにも含まれ、えぐみや渋みの主成分である。去痰作用、溶血作用、また魚を麻痺させる作用などがあるため、極端に多量摂取してはいけない。
サポニンとは、配糖体であり、糖類とトリテルペンやステロイドが結合した物質の総称である。
フィトエストロゲン
エストロゲン（女性ホルモン）と同じような働きをする成分。phytoestrogen。植物エストロゲンや、ファイトエストロゲンとも呼ばれている。大豆イソフラボン、亜麻、リグナンなど。これがキヌアに含まれているため、インディオの女性は強く健康的だと言われている。
抗真菌性を有するキチン結合性ペプチド
キヌア種子中に、抗真菌性を有するキチン結合性ペプチドの存在が認められたため、本ペプチドの精製、および構造解析を目指した。結果として、本ペプチドは糸状菌に特異的に作用する増殖阻害活性が認められたが、酵母、細菌、ヒト細胞に対し毒性は示さなかった。
トリプシンインヒビター
植物種子には哺乳動物の消化酵素であるトリプシンなどのプロテアーゼの働きを阻害するタンパク性インヒビターが存在する。これらのインヒビターはわれわれにとって天然毒であるが、なぜ植物体に存在するのか、その生理的役割、機能については現在も不明である。
しかし食品を評価する上ではその食品に含まれているインヒビターの性質を明らかにする必要がある。キヌアにおけるトリプシンインヒビターは精白米の60%、小麦粉の40%、エンドウの0.8%の阻害活性であった。インヒビターの生理的役割に関しては推測の域を出ていないが、キヌアでは含有量が極めて少ない。